Постановлением Центрального комитета КПСС от 21 января 1967 года «О мерах по улучшению партийно-политической работы в Советской Армии и Военно-Морском флоте» вводится институт заместителей командиров рот, батарей, эскадрилий по политической части.
Приказом Министра обороны СССР № 063 от 13 марта 1967 г. и директивой Генерального штаба Вооружённых Сил СССР от 22 апреля 1967 г. местом дислокации военно-политического авиационного училища определён город Курган.
Такое решение стало символичным для продолжения авиационных традиций истории Кургана. В годы Великой Отечественной войны на территории Курганского аэропорта гражданского воздушного флота (ГВФ) базировалась сформированная в конце 1940 года 73-я учебная эскадрилья ГВФ (с 1943 года — Курганская авиационная школа пилотов ГВФ). Школа подготовила свыше 1000 пилотов для пополнения летного состава Военно-воздушных сил РККА. За самоотверженный труд в тылу и работу по подготовке пилотов весь постоянный состав Курганского аэропорта и Курганской авиашколы награждён медалями «За доблестный труд в Великой Отечественной войне» и «За победу над Германией».
Звания Героя Советского Союза удостоены лётчик-инструктор 73-й учебной эскадрильи, командир эскадрильи 15-го ночного бомбардировочного авиаполка майор Тимофей Ковалёв, выпускники 73-й учебной эскадрильи командир эскадрильи 76-й гвардейского штурмового авиаполка гвардии капитан Николай Мартьянов[3] и командир батареи 241-го гвардейского стрелкового полка гвардии лейтенант Арсений Пугачёв. Дважды удостоен звания Герой Социалистического Труда летчик-инструктор 73-й учебной эскадрильи Николай Кузнецов. Звания Герой Социалистического Труда удостоен летчик-инструктор 73-й учебной эскадрильи Александр Барышников. В 1947 году Курганская авиационная школа пилотов ГВФ была расформирована, а основная часть имущества и личный состав стали основой для вновь созданного Троицкого авиационно-технического училища ГВФ.
На основании Указа Президиума Верховного Совета СССР 20 апреля 1968 года училищу было вручено Боевое Знамя.
В 1971 году открыто отделение заочного обучения, в 1972 — экстернат.
За успехи в подготовке офицерских кадров в 1972 году училище было награждено Переходящим Красным Знаменем Курганского обкома КПСС и Совета Уральского военного округа.
В 1994 году КВВПАУ сделало последний 24-й выпуск офицеров. Всего за период своего существования в училище было подготовлено 8 345 офицеров с высшим образованием. Более 500 выпускников вуза за период службы были награждены боевыми правительственными наградами, 8 выпускников вуза получили звание генерала
Приказом министра обороны Российской Федерации № 46 от 26 июня 1992 года на базе КВВПАУ было образовано Курганское военное авиационно-техническое училище (КВАТУ). Учебная база училища была расширена вооружением, военной техникой, лабораторным оборудованием, тренажёрами, макетами и учебными пособиями упраздненных Калининградского ВАТУ и Рижского ВВАИУ. Распоряжением Правительства Российской Федерации № 976-р от 17 июля 1995 года Курганское ВАТУ подлежало расформированию.
26 декабря 1995 года Постановлением Правительства России № 1259 материальная база училища и основная часть личного состава была передана в ведение Федеральной пограничной службы Российской Федерации и образован Курганский военный авиационный институт Федеральной пограничной службы Российской Федерации. В августе 1996 года учебное заведение переименовано в Курганский военный институт ФПС России. В учебном заведении готовил авиационных специалистов с высшим образованием по четырём инженерным и трем лётным специальностям. В июне 2000 года состоялся первый выпуск офицеров-инженеров, а в 2001 — офицеров-лётчиков и штурманов для авиационных частей ФПС России. В 2002 году институт выпустил офицеров женского пола, как по лётным, так и по инженерным специальностям.