3 октября 1967 г. начался этап в деятельности учебного заведения. В соответствии с Постановлением Совета Министров СССР было принято решение о создании Высшего пограничного военно-политического училища КГБ при СМ СССР. 16 ноября 1967 г. был издан приказ КГБ при СМ СССР «Об организации Высшего пограничного военно-политического училища КГБ и о строительстве комплекса зданий и сооружений военного городка в п. Голицыно Московской области».

К 1972 г. строительство было завершено. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 13 марта 1972 г. и Постановлением Совета Министров СССР от 17 марта 1972 г. Высшее пограничное училище признано правопреемником Военно-политического училища НКВД имени К.Е. Ворошилова. 3 ноября 1972 г. училищу были вручены Боевое Знамя части и орден Красного Знамени.

Преподавательский состав кафедр формировался из сотрудников Алма-Атинского и Московского пограничных училищ, офицеров из войск, выпускников военных академий. Первый набор был осуществлен в 1972 г.

Деятельность командования и профессорско-преподавательского состава училища в 1970-е годы была высоко оценена государством: Указом Президиума Верховного Совета СССР от 23 октября 1980 г. за большие заслуги в подготовке высококвалифицированных кадров училище награждено орденом Октябрьской Революции.

Постановлением Правительства Российской Федерации от 30 августа 1993 г. училище было преобразовано в военный институт со сроком обучения 5 лет. Институт стал готовить офицеров по специальностям «Юриспруденция» и «Социальная педагогика» [2].

С 1997 по 2001 г. в институте осуществлялся набор курсантов-девушек.

В 2000-е г. продолжилось совершенствование образовательного процесса в вузе. В связи с реформированием ФПС России распоряжением Правительства РФ от 24 октября 2003 г. вуз был переименован в Голицынский пограничный институт Федеральной службы безопасности Российской Федерации.

В 2005 г. в институте была создана адъюнктура, в которой ведется подготовка научно-педагогических кадров для органов безопасности.

В сентябре 2008 г. в г. Ставрополе начал образовательную деятельность филиал Голицынского пограничного института ФСБ России, где готовят специалистов (прапорщиков) со средним профессиональным образованием.

С 2011 г. в рамках реализации нового Федерального государственного образовательного стандарта высшего профессионального образования в институте осуществляется подготовка по специальностям «Пограничная деятельность», «Психология служебной деятельности», «Правовое обеспечение национальной безопасности».

В январе 2012 г. институт прошел государственную аккредитацию.